燕窝中的氨基酸种类丰富，富含苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、酪氨酸和精氨酸等。燕窝中的水解氨基酸含量达42.272%，且必需氨基酸含量占氨基酸总量的42%；同时，呈鲜味特征的氨基酸（天门冬氨酸和谷氨酸）和呈芳香味特征的氨基酸（酪氨酸和苯丙氨酸）含量较高，表明燕窝的味道鲜美。食物营养价值的优劣主要取决于所含氨基酸的种类、数量和比例。联合国粮农组织和世界卫生组织提出了食品中必需氨基酸参考模式谱，规定了人体必需氨基酸占总氨基酸的质量比以及必需氨基酸与非必需氨基酸的质量比分别为40%和60%。
燕窝中的蛋白质含量较高，但与其品种关系紧密。试验选用的马来西亚金丝燕燕窝，其含量达50.26%。
唾液酸又称燕窝酸，是燕窝主要的生物活性成分，在燕窝中主要以N-乙酰神经氨酸形式存在。据报道，一般燕窝的唾液酸含量可达7%以上，这也是初步鉴定真假燕窝的手段
误区：含有特殊的营养物质
燕窝的营养价值非常有限，性价比极低。如果平时食用适量的肉蛋奶，加适度海产品，就足以获取燕窝能提供的一切营养价值。美国普度大学农业与生物系食品工程专业博士云无心、中国第四军医大学营养与食品卫生教研室主任王枫均对记者表示，以蛋白质为例，燕窝就不如鸡蛋、牛奶“优质”。而从满足人体需求的角度来说，燕窝的氨基酸组成并不好，它所能提供的营养为不完全蛋白质，对人体的好处尚不如鸡蛋和牛奶。中国食品营养安全委员会主任姬黎霞也告诉《科技生活》周刊，现代的医药研究证实，燕窝含有蛋白质、微量元素及氨基酸。但是对于含有以上物质的食物，并不只是燕窝独有，一些平民化的食物中也能获得，“比如银耳、百合、山药等含有粘液的食物。
